In silico analyse van de fenotypische landschapstoestanden bij melanoommetastase en de routes van fenotype omschakeling

Recente studies hebben verschillende cellulaire toestanden geïdentificeerd in primaire melanomen van zowel mens als muis. Echter, de mechanismen verantwoordelijk voor het fenotype-omschakeling in zowel primaire melanomen als hun bijhorende metastasen blijven een onontgonnen terrein binnen het kankeronderzoek. Het voornaamste doel van dit project is het uitvoeren van een in silico analyse op een unieke cohort van gekoppelde melanoom primaire-metastase monsters verzameld uit de lever, longen en hersenen. De analyse beoogt de conservatie van de cellulaire toestanden en verhoudingen bij patiënten te onderzoeken, evenals variaties tussen verschillende anatomische locaties. Bovendien zal ons onderzoek dieper ingaan op de onderliggende mechanismen die interacties reguleren tussen stromale en tumorcellen, en zal de mogelijke aanwezigheid van nieuwe micro-omgevingsniches verkennen. Gelijktijdig zullen we synthetische reporters ontwerpen waarmee we zowel de melanocytische als mesenchymale toestanden kunnen detecteren. Vanwege de complexe aard van deze cellulaire toestanden is het vertrouwen op enkele markers voor hun definitie en monitoring onvoldoende. Daarom zullen deze reporters worden ontworpen met behulp van marker-sets afgeleid van menselijke monsters, cellijnen, en bestaande laboratorium-gegenereerde muizen scRNAseq, RNAseq en ATACseq gegevens. Deze compilatie zal ook inzichten bevatten die zijn verkregen uit metastase-gerelateerde informatie. De voorspellingen en resultaten voortkomend uit de in silico analyse van metastasen kunnen worden bevestigd door gebruik te maken van deze toolkit.