Convolutionele Neuraal Netwerken voor DNA optische mapping

Optische mapping is een van de next generation sequencing methodes die DNA specifiek labeling gebruikt om de barcodes te verkrijgen die uniek zijn voor elke soort. Nieuw methodes genaamd Fluorocode was recent ontwikkeld die basiche principes van optische mapping combineert met microscopie die laat toe om hoge hoeveelheden data snel te kunnen krijgen en tegelijk verschillende soorten te kunnen detecteren door gelabelde DNA moleculen uit te strekken op een substraat. De verkregen beelden kunnen gesegmenteerd worden en individuele barcodes verder door cross correlatie gealigneerd worden aan een referentie genoom. Deze methode was bewezen om goed te werken, maar is uiteindelijk relatief traag. Andere mogelijke manier is om Convolutionele Neuraal Netwerk (CNN) te gebruiken voor segmentatie en matching tegelijk, wat mogelijk de analyse significant zal kunnen versnellen. Het doel van deze project is om CNN te ontwikkelen hiervoor en deze te vergelijken met andere beschikbare methodes.