Het in kaart brengen van de genomische sequentie van de ‘22q11 low copy repeats’ via nieuwe sequeneringsmethodieken om de fenotypische variabiliteit te ontrafelen.

Het 22q11.2 deletie syndroom (22q11.2DS) is een aangeboren en neuro psychiatrische aandoening veroorzaakt door niet-allele homologe recombinatie. Met een geschatte incidentie van 1 in 4000 geboortes, is het 22q11.2 syndroom het meest voorkomend chromosomale microdeletie aandoening bij mensen. Het mechanisme achter de aandoening heeft betrekking op de vier sets van ‘low copy repeats’ (LCR22) die verspreid zijn in de 22q11.2 regio. Klassieke klinische testen kunnen prenataal en postnataal 22q11.2DS detecteren. Niettemin, fenotypische eigenschappen zijn nooit volledig penetrant en de variabiliteit van symptomen blijft grotendeels onverklaard. De ontdekking van interindividuele hypervariabiliteit in de LCR22s zou een genetische verklaring kunnen verschaffen voor (een deel van) de fenotypische variabiliteit, inclusief de neuro psychiatrische afwijkingen. Om de LCR22 variabiliteit bij een grote groep van patiënten te meten en om fenotypische consequenties van de LCR22 variabiliteit te identificeren moeten er nieuwe methoden ontwikkeld worden. Wij zullen een nieuwe ‘assembler’ en een structurele variatie detector ontwikkelen die het mogelijk maken om data van verschillende platformen te integreren voor de gerichte assemblage van de 22q11.2 regio en bij extensie, andere complexe regio’s. Daarnaast zullen wij kwantitatieve en kwalitatieve transcriptoom mappen van de LCR22 voorzien.

Trefwoorden:22q11 deletion syndrome, De novo assembly, low copy repeats

Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Computationele transcriptomics en epigenomics, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Bio-informatica van ziekten