Toepassings- en visualisatieontwerp voor Bayesiaanse fylodynamische inferentie

Het eerste deel van het project omvat het vertrouwd raken met Bayesiaanse fylogeografische reconstructies van verschillende pathogenen, maar met een eerste focus op SARS-CoV-2 Lineage B.1.525. Terwijl een eerder aangenomen PhD-student zich zal concentreren op het ontwikkelen van nieuwe modellen voor fylogeografische inferentie, vormt het toepassen van deze modellen en het vergelijken van hun gevolgtrekkingsresultaten met elkaar een belangrijke verantwoordelijkheid binnen de huidige functieomschrijving. Er zal een verzameling van bruikbare datasets uit verschillende geografische regio's moeten worden aangelegd, en dit voor verschillende pathogenen, en zal zorgvuldig geanalyseerd moeten worden naast de beschikbare metadata en de huidige hypothesen over virale verspreiding binnen het onderzoeksveld. In het tweede deel van het project zullen nuttige softwaretoepassingen moeten worden ontworpen en geïmplementeerd die de Bayesiaanse fylogenetische en fylodynamische inferentie aanvullen.  Om de fylodynamische output van onze voorgestelde modellen te vertalen in tastbare antwoorden, zal het doel zijn om een gebruiksvriendelijk, feature-rijk, interactief en flexibel webgebaseerd visualisatieplatform te ontwikkelen dat gemakkelijk kan worden toegepast op verschillende pathogenen en het delen van deze mogelijk maakt. visualisaties zo frictieloos mogelijk te maken. De te gebruiken webtechnologieplatforms zijn niet in steen gebeiteld en kunnen worden gekozen op voorwaarde dat ze goed schalen met toenemende hoeveelheden data.