Dynamiek van het enterische viroom in kinderen in Ghana en Zambia: implicaties voor de immuniteit van de gastheer en de kolonisatie van het microbioom

Zuigelingen worden geboren met een vrijwel steriel darmstelsel, dat kort na de geboorte snel wordt gekoloniseerd door bacteriën, virussen, faagjes en microbiële eukaryoten, afkomstig van de moeder of de omgeving. De darmmicrobiota van zuigelingen is essentieel voor de ontwikkeling van het immuunsysteem, de stofwisseling in het vroege leven, de groei en de weerstand tegen ziekteverwekkers van buitenaf. Dit precieze tijdsgebonden proces is nog steeds niet goed begrepen, vooral niet in lage- en middeninkomenslanden met een hoge zuigelingensterfte. Hoewel darmvirussen vaak met ziekte worden geassocieerd, veroorzaken ze vaak geen symptomen en hebben ze waarschijnlijk onderschatte fysiologische functies. Interacties tussen virussen en bacteriën, virussen onderling, en virussen met de gastheer kunnen de kolonisatie van het microbioom en de ontwikkeling van het immuunsysteem beïnvloeden. In het Afri-VIR-project gebruiken we longitudinale monsters van zuigelingen in Ghana en Zambia om de dynamiek van het viroom te onderzoeken: Tijdens de eerste 100 levensdagen, wanneer vaccinaties worden toegediend en kinderen het hoogste risico lopen op infectieziekten en sterfte, en Gedurende de eerste 500 levensdagen, om langetermijnverbanden te analyseren met omgevings- en sociaaldemografische variabelen, ziekte-episodes en antibioticagebruik. Vervolgens screenen we faaggenomen op de aanwezigheid van antibioticaresistentiegenen om hun rol in de opkomst van multiresistente bacteriën te beoordelen. We vergelijken onze gegevens met die van leeftijdsgenoten in verschillende geografische en sociaaleconomische omgevingen om gemeenschappelijke of unieke ontwikkelingspatronen van het darmmicrobioom te identificeren.