Evolutie en transmissie dynamiek van darm microbiota species.

De darmmicrobiota omvat diverse species die belangrijke metabolische, immunologische en beschermende functies uitoefenen op de gastheer. Deze microbiota wordt bestudeerd met behulp van DNA sequenering-gebaseerde technieken (metagenomics), wat toelaat om de aanwezige species en hun functionele genen in het totale ecosysteem te identificeren. Onze kennis op het niveau van individuele species en stammen blijft echter eerder beperkt. In dit project willen we de globale evolutionaire trends van een aantal belangrijke darmspecies karakteriseren en hun overdraagbaarheid tussen individuen en populaties bestuderen. Hiertoe zal er eerst een referentiekader voor genomische analyse op populatieniveau worden ontwikkeld op basis van bestaande metagenomische datasets, om dit vervolgens toe te passen op duizenden metagenomen met brede ecologische en geografische spreiding. Hierdoor wordt het mogelijk om de distributie en evolutie van verschillende microbiële species in verschillende regio’s en populaties te karakteriseren. Ook zal de genetische variatie binnen individuen worden bestudeerd, alsook hoe dit de kolonisatie van andere bacteriën eventueel kan beïnvloeden. Tenslotte worden ook transmissie en migratie van deze species bestudeerd met epidemiologische methodes. Deze analyses zullen niet enkel nieuwe inzichten opleveren in de evolutie en ecologie van specifieke darmcommensalen, maar zullen ons ook toelaten om de overdraagbaarheid van intestinale microbiota beter te begrijpen.