Geïntegreerde bioinformatica analyse van gecombineerde epigenoom, transcriptoom en proteoomgegevens.

De snelle ontwikkeling van analytische methodes zoals "Next Generation Sequencing" en Massaspectrometrie zorgt momenteel voor een exponentiële groei aan datasets en toenemende vraag naar systemische analyse van transcriptoom-, epigenoom- en proteoomdatasets in systeembiologisch onderzoek. De grootte en diversiteit van datasets bij routineonderzoek is daarbij spectaculair toegenomen. De toegenomen opslagcapaciteit en beschikbaarheid van datasets heeft reeds geleid tot de ontwikkeling van diverse bioinformatica toepassingen die toelaten om specifieke datasets te interpreteren. Echter, aparte analyses van verschillende types data volstaan niet meer om complexe biologische processen en ziektes te begrijpen. Om meer inzicht te krijgen op verschillende regulatieniveaus (proteoom, transcriptoom, epigenoom) is een geïntegreerde aanpak nodig waarbij verschillende "omics"-lagen gecombineerd worden bij de analyses. Deze aanpak is echter nog onvoldoende ontwikkeld in de bioinformatica waardoor veel datasets onderbenut worden bij datamining. In het PPES labo voor proteomics & epigenetische signalisatie werden reeds parallelle transcriptoom, epigenoom and chemoproteoom experimenten uitgevoerd in kankercellen behandeld met een beloftevol tumorselectief anti-kankermiddel Withaferine A, met de bedoeling meer inzicht te verwerven in de chemosensitiserende werking van Withaferin A. Door een geïntegreerde analyse van de beschikbare dataets, willen we cruciale eiwitten/signaalwegen identificeren die betrokken zijn bij de chemosenstiserende anti-kankerwerking van Withaferin A. In dit project zullen nieuwe bioinformatica methodes worden ontwikkeld en bestudeerd die geïntegreerde analyse toelaten van 3 quantitatieve omics datatypes (transcriptoom, epigenoom en proteoom), die zeer relevant zijn voor toekomstige data-analyses binnen/buiten de universiteit.

Trefwoorden:SYSTEEMBIOLOGIE, BIO-INFORMATICA, DATA MINING

Disciplines:Scientific computing, Biochemie en metabolisme, Bio-informatica en computationele biologie, Medische biochemie en metabolisme, Maatschappelijke gezondheidszorg, Publieke medische diensten