Omgevingsstalen als hulpmiddel om de epidemiologie van darmvirussen te bepalen

Onze kennis van de epidemiologie van darmvirussen is sterk afhankelijk van de testcapaciteit van klinieken en de klinische kenmerken van infecties. Voor slechts enkele van deze virussen (bijv. poliovirus) wordt echter milieusurveillance (bodem en afvalwater) gebruikt om deze te monitoren, wat ertoe leidt dat veel belangrijke darmvirussen, zoals norovirus, rotavirus en astrovirus over het hoofd worden gezien. In ons project gebruiken we longitudinale afvalwaterstalen van de RWZI Leuven van de firma Aquafin en luchtstalen van het kinderdagverblijf van het UZ Leuven. Om het viroom van de monsters te identificeren, zullen we het NetoVir protocol (Novel Enrichment Technique of Viromes) en onze metagenomics-pijplijn gebruiken. Bovendien hebben de COVID-19-pandemie en vooral de maatregelen die zijn genomen om de verspreiding van SARS-CoV-2 te voorkomen (lockdowns, het dragen van maskers en sociale distantiëring) ook invloed gehad op de verspreiding van andere ziekteverwekkers, waaronder het rotavirus. Waarschijnlijk zal de zeer lage rotaviruscirculatie in de seizoenen 2019-2020 en 2020-2021 kunnen resulteren in een grotere populatie van zuigelingen die vatbaar zijn voor rotavirusinfecties, en daarom veronderstellen we een sterke opstoot van het aantal rotavirusgevallen in België en de daaropvolgende jaren. Alles bij elkaar genomen veronderstellen we dat de epidemiologie van darmvirussen wordt weerspiegeld in milieumonsters (riolering en lucht) en dat dergelijke gegevens kunnen worden gebruikt als een systeem voor vroegtijdige waarschuwing voor epidemieën van darmvirussen. Daarom zal dit doctoraatsproject worden uitgevoerd in vier hoofdwerkpakketten, die de volgende vragen beantwoorden: 1. Wat zijn de langetermijneffecten van de COVID-pandemie op de rotavirusepidemiologie? 2. Kunnen longitudinale analyses van rioolmonsters worden gebruikt als een proxy voor virusepidemiologie of zelfs als een systeem voor vroegtijdige waarschuwing? 3. Kunnen unbiased analyses van luchtmonsters worden gebruikt om de epidemiologie van darmvirussen te bestuderen? 4. Wat is de relatie tussen virusdetectie in omgevingsstalen en klinische epidemiologische gegevens?