Next-generation sequencing diagnostiek om etiologieën van acute ongedifferentieerde koorts in het Peruaanse amazonegebied te identficeren (CREID)

In de tropen blijft ~50% van de patiënten met acute ongedifferentieerde koortsaandoeningen (AUFI) ongediagnosticeerd. De differentiële diagnose, die belangrijk is om de behandeling en het casemanagement te sturen, wordt bemoeilijkt door verschillende factoren, waaronder een grote verscheidenheid aan (on)bekende ziekteverwekkers die AUFI veroorzaken, een groot aantal overlappende symptomen waardoor klinische diagnoses onbetrouwbaar zijn, epidemiologische synergie tussen gedeelde vectoren en geografische verspreiding van etiologieën, en beperkte laboratoriumcapaciteit. Tot op heden zijn benaderingen die gebruikt worden voor de identificatie van etiologieën van AUFI meestal gebaseerd op gerichte tests voor enkele pathogenen, terwijl pathogene co-infecties blijven onderbestudeerd omdat zodra een pathogeen gedetecteerd is, er zelden naar andere pathogenen gezocht wordt. Ons doel is om metagenomische sequencing te implementeren op het minION-platform van Oxford Nanopore en de potentiële impact van deze technologie op de standaard klinische diagnostiek en zorg, pathogeensurveillance en volksgezondheid te evalueren. Met behulp van retrospectieve serummonsters verzameld bij AUFI-patiënten tussen 2018-2021 in Yurimaguas en Iquitos, heeft ons project als doel (1) het evalueren van het nut van nanopore metagenomics bij afwezigheid van een diagnose op monsters die negatief getest zijn op DENV, ZIKV, YFV, CHIKV, malaria en Leptospirose, (2) de toegevoegde waarde van nanopore metagenomics te evalueren voor monsters met een bestaande diagnose op monsters die positief zijn voor DENV en (3) de kosteneffectiviteit van metagenomische nanopore diagnostiek en surveillance in Peru evalueren. Deze pilootstudie zou de nodige knowhow en infrastructuur opbouwen om metagenomische sequencing uit te voeren en ook om vervolgstudies uit te voeren met volledige genoomsequenties van deze pathogenen om specifieke epidemiologische vragen te beantwoorden (verspreiding, oorsprong, bron) en de mogelijke implicatie van virale evolutie in de ernst, resistentie en overdraagbaarheid van de ziekte.