How broad is the genetic basis of Vietnamese Musa species? Population genetics and phylogeography as a tool to locate interesting alleles against biotic and abiotic stresses Plantentuin Meise / Agentschap Plantentuin Meise
Rony Swennen
Projecten
Gekozen filters:
Gekozen filters:
Global spread and transmission dynamics of Mycobacterium ulcerans (BURULI ULCUS) Instituut voor Tropische Geneeskunde
In the proposed research program we seek to clarify the global phylogeography of Mycobacterium ulcerans and to understand how it is transmitted to humans. Whole genome sequence analysis of clinical isolates of M. ulcerans in the comprehensive ITM strain collection from most endemic countries provides a unique opportunity to study the evolutionary history, intercontinental spread and phylogeography of M. ulcerans on a global scale. The addition ...
De evolutionaire dynamica van de opkomst, verspreiding en virulentie van pathogenen KU Leuven
Evolutionaire en epidemiologische informatie die geëxtraheerd wordt uit pathogeen genomen is uitgegroeid tot een belangrijk instrument in het onderzoek naar infectieziektes. Door deze informatie aan te wenden beogen moleculaire epidemiologen om de origine en epidemische geschiedenis van pathogenen op te helderen, van reservoir dynamica tot hun opkomst in nieuwe gastheren, alsook hun geografische verspreiding over tijd en de evolutie van ...
Verborgen collecties: ontluiken van de diversiteit en evolutionaire geschiedenissen van virussen uit gearchiveerde specimens KU Leuven
Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuu, Universiteit Antwerpen
Vele belangrijke zoönotische virussen bij de mens, zoals Ebola, Zika en de HIV-precursoren, zijn afkomstig van Afrotropische zoogdieren uit het Congobekken. Deze regio herbergt ook een van de grootste zoogdierdiversiteit ter wereld, waarvan duizenden specimens bewaard worden in de museumcollecties van KBIN, KMMA en CSBUNIKIS. Uit hetzelfde Congobekken bewaart de KU Leuven duizenden gearchiveerde pathologische specimens van menselijke origine. ...
Integratie van ruimtelijke heterogeniteit met temporele en demografische inferentie, met als applicatie het bestrijden van hondsdolheid bij mensen KU Leuven
Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Université Libre de Bruxelles
Genoomanalyses zijn essentieel voor het bestuderen van de evolutie en verspreiding van pathogenen, en ruimtelijke diffusie modellen vormen een belangrijke hoeksteen voor het onderzoeksdomein van de fylogeografie, waarin fylogenetische bomen geannoteerd worden met de (ancestrale) locaties van staalname. De huidige diffusiemodellen zijn echter vrij eenvoudig en houden geen rekening met omgevingskenmerken. In dit onderzoeksvoorstel wensen we ...
Inter- en intracommunautaire dynamiek van SARS-CoV-2- verspreiding door een combinatie van sequentiebepaling van het viraal genoom en fylodynamische analyse (Analysis) KU Leuven
Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Université Libre de Bruxelles, Universiteit Gent
Sinds de introductie van SARS-CoV-2, verspreidt het virus zich zeer
snel en heeft het wereldwijd ernstige respiratoire pathologie veroorzaakt. Het virus is afkomstig
van een zoönotische overdracht van dier naar mens, waarbij waarschijnlijk een vleermuis of zelfs
een schubdier het virus droeg en een mens infecteerde. Dit betekent dat het virus zich nog steeds
aanpast aan zijn nieuwe gastheer, de mens. Dit wordt ...
Evolutie en gevolgen voor de gezondheid van fijnschalige substructuren in menselijke populaties. KU Leuven
Hoe nauw zijn we verbonden met andere mensen uit onze geboortestad? Hoe is de onderlinge verbondenheid van onze ouders van invloed op onze gezondheid? Dit project maakt gebruik van genoom-brede gegevens van Europese populaties om de populatiesubstructuur en de assortimentskoppelingspatronen te bestuderen om hun effect op de accumulatie van schadelijke varianten en hun effect op de fitheid te schatten. In dit werk zullen zowel oude ...
Het bepalen van de conservatiestatus van genetische bronnen van wilde bananen aan de hand van populatiegenetica en het modelleren van soortenverspreidingen KU Leuven
Wilde planten verwant aan landbouwgewassen hebben vaak een hoge diversiteit in allelen in vergelijking met het gewas waaraan ze gerelateerd zijn. Hierdoor vormen ze een belangrijke bron voor de verbetering van agronomische kenmerken zoals opbrengst of een hogere resistentie tegen zowel biotische als abiotische factoren. De achteruitgang van genetische diversiteit door de toenemende druk van de mens bedreigt nu het voortbestaan van ...
Fylodynamische analyse van pathogenen, uitvoerbaar in reële tijd KU Leuven
Voor de meest voorkomende besmettelijke ziektes bestaan intussen grote hoeveelheden gen- en genoomsequenties, zodat veel van de huidige (fylogenetische) analyses niet meer haalbaar zijn vanuit computationeel oogpunt. Dit project beoogt de ontwikkeling van statistische en computationele methoden om op een efficiënte manier epidemiologische en evolutionaire informatie te bepalen tijdens een epidemie. Het reconstrueren van de verspreiding van ...
Virus ontdekking en epidemische tracering uit metagenomische sequencing met hoge doorvoer (VIROGENESIS) KU Leuven
Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Leuven Statistisch Centrum (LStat)
NGS analysis pipelines are rapidly becoming part of the routine repertoire of research, clinical and public health laboratories in the public sector and private industry. Middle East Respiratory Syndrome-coronavirus (MERS-CoV) is only one example of the many recent virus discoveries made through analysis of next-generation sequencing (NGS) data. Yet, only a small part of the several millions of short-length sequence fragments generated by NGS ...