Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
1 - 10 of 26
- Ontrafelen van de rol van het immuunsysteem bij de ontwikkeling van hypergranulatieweefsel in wonden bij paardenVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- Extracellulaire vesikels uit het follikelvocht zijn sleutelfactoren voor een betere ontwikkeling van verse en gevitrificeerde eicellen bij het paardVanaf16 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyseVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Cofinanciering kernfaciliteit - Gent Licht Microscopie (GLiM)Vanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Cofinanciering core facility - UGent NGS CoreVanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Modulaire high-end massaspectrometer voor ultragevoelige kwantificatie en beeldvorming van kleine organische moleculen in cross-health onderzoek - MSsmall-XHVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeatsVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.Vanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- PEA histon modificatie proteomicsVanaf1 mrt 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Stimulated emission depletion microscopy (STED): Nanoscopie voor innovatief onderzoek in de levenswetenschappenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
201 - 210 van 274
- Phospho-iTRAQ : assessing isobaric labels for the large-scale study of phosphopeptide stoichiometry(2015)
Auteurs: Pieter Glibert, Paulien Meert, Katleen Van Steendam, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter De Coninck, Lennart Martens, Maarten Dhaenens, Dieter Deforce
Pagina's: 839 - 849 - Transcriptome analysis of Bombyx mori larval midgut during persistent and pathogenic cytoplasmic polyhedrosis virus infection(2015)
Auteurs: Anna Kolliopoulou, Filip Van Nieuwerburgh, Dimitrios J Stravopodis, Dieter Deforce, Luc Swevers, Guy Smagghe
- Genome sequence of Devriesea agamarum, isolated from agamid lizards with dermatitis(2015)
Auteurs: Roel Haesendonck, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Frank Pasmans, An Martel
- Shallow whole genome sequencing is well suited for the detection of chromosomal aberrations in human blastocysts(2015)
Auteurs: Lieselot Deleye, Annelies Dheedene, Dieter De Coninck, Tom Sante, CHRISTODOULOS CHRISTODOULOU, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
Pagina's: 1276 - 1285 - Whole exome sequencing as a novel tool for the detection of modifier genes in pseudoxanthoma elasticum(2015)
Auteurs: Eva De Vilder, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Ludovic Martin, Georges Lefthériotis, Olivier Vanakker
Aantal pagina's: 1 - Derivation conditions affect pluripotency and differentiation propensity of mouse embryonic stem cells(2015)Volume: 30
Auteurs: Sabitri Ghimire, Margot Van der Jeught, Jitesh Neupane, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Susana Marina Chuva de Sousa Lopes
Pagina's: 458 - 458 - Genome-wide transcription start site profiling in biofilm-grown Burkholderia cenocepacia J2315(2015)
Auteurs: Andrea Sass, Heleen Van Acker, Konrad Förstner, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Jörg Vogel
- Heuristic filtering of sequencing variants with the R-package "Mendelian"(2015)
Auteurs: Bart Broeckx, Frank Coopman, Geert Verhoeven, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
Pagina's: 79 - 79 - OSC2 and CYP716A14v2 catalyze the biosynthesis of triterpenoids for the cuticle of aerial organs of Artemisia annua(2015)
Auteurs: Tessa Moses, Jacob Pollier, Qian Shen, Sandra Soetaert, James Reed, Marie-Laure Erffelinck, Filip Van Nieuwerburgh, Robin Vanden Bossche, Anne Osbourn, Johan M Thevelein, et al.
Pagina's: 286 - 301 - Quantification of integrated HIV DNA by repetitive-sampling Alu-HIV PCR on the basis of Poisson statistics(2014)
Auteurs: Ward De Spiegelaere, Eva Malatinková, Lindsay Lynch, Filip Van Nieuwerburgh, Peter Messiaen, Una O'Doherty
Pagina's: 886 - 895
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)