< Terug naar vorige pagina
Onderzoeker
Jo Vandesompele
- Trefwoorden:DNA, Niet-coderend RNA, vloeibare biopsie, kanker, RNA, Toegepaste bio-informatica, DNA en RNA sequenering, digitale PCR
- Disciplines:Klinische genetica en moleculaire diagnostiek, Single-cell data analyse, Kankerdiagnose, Kankerbiologie, Bio-informatica van ziekten, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Kankertherapie, Bio-informatica en computationele biologie niet elders geclassificeerd, Medische genomics, Medische epigenomics
Affiliaties
- Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Vakgroep Pediatrie en genetica (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 1997 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 77
- Multiplex digitale PCR voor toepassingen met grote impact binnen diverse onderzoeksgroepen in de biowetenschappenVanaf1 dec 2025 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Robuuste, duurzame en semi-geautomatiseerde aanmaak van sequencingbibliotheken via Mantis-dosering en PuriFY-opzuiveringVanaf1 dec 2025 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Implementatie van celvrije RNA-signaturen voor minimale invasieve fenotypering, risicostratificatie en opvolging van patiënten met diffuus grootcellig B-cellymfoomVanaf1 feb 2025 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Cofinanciering kernfaciliteit - De digitale PCR CoreVanaf1 feb 2025 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Studie van de cellulaire heterogeniteit veroorzaakt door gerichte therapieën in neuroblastoom met behulp van ruimtelijke transcriptoomanalyse en vloeibare bioptenVanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Het ruimtelijk in kaart brengen van mutante klonen om de rol van interklonale competitie in menselijke tumorvorming te begrijpen.Vanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Onderzoek naar verworven resistentie en herval via multi-omics ruimtelijke analyse van neuroblastoomVanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: Stichtingen, fondsen e.d. met wetenschappelijk oogmerk
- In kaart brengen van de cellulaire heterogeniteit veroorzaakt door gerichte therapieën in neuroblastoom met behulp van ruimtelijke transcriptoom analyse en vloeibare biopsieënVanaf25 nov 2024 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Xenotransplantatie in ratten voor de analyse van tumoraal extracellulair RNA in vloeibare bioptenVanaf1 nov 2024 → HedenFinanciering: FWO senior postdoctoraal mandaat
- Fotolitografische DNA printer voor massaal parallelle synthese van DNA oligonucleotiden voor ruimtelijke -omics en hybrid capture target enrichment toepassingenVanaf1 mei 2024 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
1 - 10 van 439
- Human skeletal muscle fiber heterogeneity beyond myosin heavy chains(2025)Gepubliceerd in: NATURE COMMUNICATIONSISSN: 2041-1723Issue: 1Volume: 16
- Digital PCR-based gene expression analysis using a highly multiplexed assay with universal detection probes to study induced pluripotent stem cell differentiation into cranial neural crest cells(2025)Series: Methods in molecular biology (MIMB)Pagina's: 17 - 47
- Cellular deconstruction of the human skeletal muscle microenvironment identifies an exercise-induced histaminergic crosstalk(2025)Gepubliceerd in: CELL METABOLISMISSN: 1932-7420Issue: 4Volume: 37Pagina's: 842 - 856.e7
- Blood collection tube and RNA purification method recommendations for extracellular RNA transcriptome profiling(2025)Gepubliceerd in: NATURE COMMUNICATIONSISSN: 2041-1723Issue: 1Volume: 16
- Characterizing the cell-free transcriptome in a humanized diffuse large B-cell lymphoma patient-derived tumor xenograft model for RNA-based liquid biopsy in a preclinical setting(2024)Gepubliceerd in: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCESISSN: 1422-0067Issue: 18Volume: 25
- Nationwide quality assurance of high-throughput diagnostic molecular testing during the SARS-CoV-2 pandemic : role of the Belgian National Reference Centre(2024)Gepubliceerd in: VIROLOGY JOURNALISSN: 1743-422XIssue: 1Volume: 21
- Transcriptomic signatures of human single skeletal muscle fibers in response to high-intensity interval exercise(2024)Gepubliceerd in: AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-CELL PHYSIOLOGYISSN: 1522-1563Issue: 5Volume: 327Pagina's: C1249 - C1262
- Identification and validation of extracellular vesicle reference genes for the normalization of RT‐qPCR data(2024)Gepubliceerd in: JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLESISSN: 2001-3078Issue: 4Volume: 13
- Nucleic acid degradation as barrier to gene delivery : a guide to understand and overcome nuclease activity(2024)Gepubliceerd in: CHEMICAL SOCIETY REVIEWSISSN: 1460-4744Issue: 1Volume: 53Pagina's: 317 - 360
- HTSplotter : an end-to-end data processing, analysis and visualisation tool for chemical and genetic in vitro perturbation screening(2024)Gepubliceerd in: PLOS ONEISSN: 1932-6203Issue: 1Volume: 19
Patenten
1 - 10 van 10
- Method to screen, diagnose or monitor treatment using increased numbers of deviating analytes
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
- NEUROBLASTOMA PROGNOSTIC MULTIGENE EXPRESSION SIGNATURE
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
Gelinkte datasets
1 - 7 van 7
- Characterizing the cell-free transcriptome in a humanized DLBCL patient-derived tumor xenograft model for RNA-based liquid biopsy in a preclinical setting
- Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics
- Blood plasma and FFPE derived total RNA seq dataset from DLBCL and PMBCL patients
- Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumour xenografted mouse models enables specific monitoring of tumour-derived extracellular RNA
- mRNA Capture Sequencing and RT-qPCR for the Detection of Pathognomonic, Novel, and Secondary Fusion Transcripts in FFPE Tissue: A Sarcoma Showcase
- Exploration of neuroblastoma xenograft models for tumor extracellular RNA profiling in murine blood plasma
- Messenger RNA capture sequencing of extracellular RNA from human biofluids using a comprehensive set of spike-in controls