< Terug naar vorige pagina
Onderzoeker
Jo Vandesompele
- Trefwoorden:DNA, Niet-coderend RNA, vloeibare biopsie, kanker, RNA, Toegepaste bio-informatica, DNA en RNA sequenering, digitale PCR
- Disciplines:Klinische genetica en moleculaire diagnostiek, Single-cell data analyse, Kankerdiagnose, Kankerbiologie, Bio-informatica van ziekten, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Kankertherapie, Bio-informatica en computationele biologie niet elders geclassificeerd, Medische genomics, Medische epigenomics
Affiliaties
- Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Vakgroep Pediatrie en genetica (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 1997 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 77
- Multiplex digitale PCR voor toepassingen met grote impact binnen diverse onderzoeksgroepen in de biowetenschappenVanaf1 dec 2025 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Robuuste, duurzame en semi-geautomatiseerde aanmaak van sequencingbibliotheken via Mantis-dosering en PuriFY-opzuiveringVanaf1 dec 2025 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Implementatie van celvrije RNA-signaturen voor minimale invasieve fenotypering, risicostratificatie en opvolging van patiënten met diffuus grootcellig B-cellymfoomVanaf1 feb 2025 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Cofinanciering kernfaciliteit - De digitale PCR CoreVanaf1 feb 2025 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Studie van de cellulaire heterogeniteit veroorzaakt door gerichte therapieën in neuroblastoom met behulp van ruimtelijke transcriptoomanalyse en vloeibare bioptenVanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Het ruimtelijk in kaart brengen van mutante klonen om de rol van interklonale competitie in menselijke tumorvorming te begrijpen.Vanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Onderzoek naar verworven resistentie en herval via multi-omics ruimtelijke analyse van neuroblastoomVanaf1 jan 2025 → HedenFinanciering: Stichtingen, fondsen e.d. met wetenschappelijk oogmerk
- In kaart brengen van de cellulaire heterogeniteit veroorzaakt door gerichte therapieën in neuroblastoom met behulp van ruimtelijke transcriptoom analyse en vloeibare biopsieënVanaf25 nov 2024 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Xenotransplantatie in ratten voor de analyse van tumoraal extracellulair RNA in vloeibare bioptenVanaf1 nov 2024 → HedenFinanciering: FWO senior postdoctoraal mandaat
- Fotolitografische DNA printer voor massaal parallelle synthese van DNA oligonucleotiden voor ruimtelijke -omics en hybrid capture target enrichment toepassingenVanaf1 mei 2024 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
21 - 30 van 433
- Artifacts and biases of the reverse transcription reaction in RNA sequencing(2023)Gepubliceerd in: RNAISSN: 1469-9001Issue: 7Volume: 29Pagina's: 889 - 897
- Exploration of neuroblastoma xenograft models for tumor extracellular RNA profiling in murine blood plasma(2023)Gepubliceerd in: EXRNAISSN: 2398-0060Issue: 2Volume: 5
- Longitudinal evaluation of serum microRNAs as biomarkers for neuroblastoma burden and therapeutic p53 reactivation(2023)Gepubliceerd in: NAR CANCERISSN: 2632-8674Issue: 1Volume: 5
- Dramatic impact of blood collection tube and RNA purification method on extracellular RNA transcriptomes(2023)Aantal pagina's: 1
- Reliable and scalable SARS-CoV-2 qPCR testing at a high sample throughput : lessons learned from the Belgian initiative(2022)Gepubliceerd in: LIFE-BASELISSN: 2075-1729Issue: 2Volume: 12
- The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival (Sept, 10.1038/s41388-021-02006-x, 2021)(2022)Gepubliceerd in: ONCOGENEISSN: 1476-5594Issue: 1Volume: 41Pagina's: 146 - 146
- The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival(2022)Gepubliceerd in: ONCOGENEISSN: 1476-5594Issue: 1Volume: 41Pagina's: 15 - 25
- RNA biomarkers from proximal liquid biopsy for diagnosis of ovarian cancer(2022)Gepubliceerd in: NEOPLASIAISSN: 1476-5586Issue: 2Volume: 24Pagina's: 155 - 164
- mRNA capture sequencing and RT-qPCR for the detection of pathognomonic, novel, and secondary fusion transcripts in FFPE tissue : a sarcoma showcase(2022)Gepubliceerd in: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCESISSN: 1422-0067Issue: 19Volume: 23
- The dangers of using Cq to quantify nucleic acid in biological samples : a lesson from COVID-19(2022)Gepubliceerd in: CLINICAL CHEMISTRYISSN: 1530-8561Issue: 1Volume: 68Pagina's: 153 - 162
Patenten
1 - 10 van 10
- Method to screen, diagnose or monitor treatment using increased numbers of deviating analytes
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma
- Usages of recombinant extracellular vesicles
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
- NEUROBLASTOMA PROGNOSTIC MULTIGENE EXPRESSION SIGNATURE
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma
Gelinkte datasets
1 - 7 van 7
- Characterizing the cell-free transcriptome in a humanized DLBCL patient-derived tumor xenograft model for RNA-based liquid biopsy in a preclinical setting
- Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics
- Blood plasma and FFPE derived total RNA seq dataset from DLBCL and PMBCL patients
- Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumour xenografted mouse models enables specific monitoring of tumour-derived extracellular RNA
- mRNA Capture Sequencing and RT-qPCR for the Detection of Pathognomonic, Novel, and Secondary Fusion Transcripts in FFPE Tissue: A Sarcoma Showcase
- Exploration of neuroblastoma xenograft models for tumor extracellular RNA profiling in murine blood plasma
- Messenger RNA capture sequencing of extracellular RNA from human biofluids using a comprehensive set of spike-in controls