Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
1 - 10 of 26
- Ontrafelen van de rol van het immuunsysteem bij de ontwikkeling van hypergranulatieweefsel in wonden bij paardenVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- Extracellulaire vesikels uit het follikelvocht zijn sleutelfactoren voor een betere ontwikkeling van verse en gevitrificeerde eicellen bij het paardVanaf16 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyseVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Cofinanciering kernfaciliteit - Gent Licht Microscopie (GLiM)Vanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Cofinanciering core facility - UGent NGS CoreVanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Modulaire high-end massaspectrometer voor ultragevoelige kwantificatie en beeldvorming van kleine organische moleculen in cross-health onderzoek - MSsmall-XHVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeatsVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.Vanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- PEA histon modificatie proteomicsVanaf1 mrt 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Stimulated emission depletion microscopy (STED): Nanoscopie voor innovatief onderzoek in de levenswetenschappenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
21 - 30 van 274
- DNA methylation alterations in fractionally irradiated rats and breast cancer patients receiving radiotherapy(2022)
Auteurs: Magy Sallam, Mohamed Mysara, Mohammed Abderrafi Benotmane, Anne P. G. Crijns, Daan Spoor, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Sarah Baatout, Pieter-Jan Guns, An Aerts, et al.
- Continuous activation of the IL-17F driven inflammatory pathway in acute and chronic digital dermatitis lesions in dairy cattle(2022)
Auteurs: Peter Geldhof, Richard Ducatelle, Yannick Gansemans, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Geert Opsomer
- Transcriptional dynamics and epigenetic regulation of E and ID protein encoding genes during human T cell development(2022)
Auteurs: Juliette Roels, Jolien Van Hulle, Marieke Lavaert, Anna Kuchmiy, Steven Strubbe, Tom Putteman, Bart Vandekerckhove, Georges Leclercq, Filip Van Nieuwerburgh, Lena Böhme, et al.
- TXNIP promotes human NK cell development but is dispensable for NK cell functionality(2022)
Auteurs: Sigrid Wahlen, Sylvie Taveirne, Wouter Van Loocke, Els Van Ammel, Filip Van Nieuwerburgh, Tom Taghon, Pieter Van Vlierberghe, Georges Leclercq
- QueSTR probes : Quencher-labeled RNase H2-dependent probes for short tandem repeat genotyping(2022)
Auteurs: Olivier Tytgat, Sonja Skevin, Maarten Fauvart, Tim Stakenborg, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Hatching is modulated by microRNA-378a-3p derived from extracellular vesicles secreted by blastocysts(2022)
Auteurs: Krishna Pavani, Tim Meese, Osvaldo Américo Bogado Pascottini, XueFeng Guan, Xiaoyuan Lin, Luc Peelman, Joachim Hamacher, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Annekatrien Boel, et al.
- Profiling the aerobic window of horses in response to training by means of a modified lactate minimum speed test : flatten the curve(2022)
Auteurs: Lorie De Maré, Carmen Vidal Moreno de Vega, Constance De meeûs, Lukas Plancke, Yannick Gansemans, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Jean Eduardo de Oliveira, Guilherme Hosotani, Maarten Oosterlinck
- Cas9 targeted nanopore sequencing with enhanced variant calling improves CYP2D6-CYP2D7 hybrid allele genotyping(2022)
Auteurs: Kaat Rubben, Laurentijn Tilleman, Koen Deserranno, Olivier Tytgat, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, Guanzheng Luo
- ADAR1 prevents autoinflammation by suppressing spontaneous ZBP1 activation(2022)
Auteurs: Richard de Reuver, Simon Verdonck, Evelien Dierick, Josephine Nemegeer, Eline Hessmann, Sadeem Ahmad, Maude Jans, Gillian Blancke, Filip Van Nieuwerburgh, Alexander Botzki, et al.
Pagina's: 784 - 789 - Haplotyping pharmacogenes using TLA combined with Illumina or Nanopore sequencing(2022)
Auteurs: Laurentijn Tilleman, Kaat Rubben, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)